Watch Dogs 2 lấy bối cảnh diễn ra sau sự kiện ở phần 1, lúc này thành phố San Francisco đã bắt đầu sử dụng công nghệ ctOS với tham vọng kết nối mọi người với nhau. Tuy nhiên, hệ thống này liên tục gặp lỗi và đem đến nhiều tai họa cho rất nhiều người, trong đó có nhân vật chính Marcus Holloway - một hacker rất tài năng.
Marcus bị ctOS vu oan (do bị lỗi dữ liệu) vào một vụ án mà anh không hề liên quan đến và bắt đầu bị cảnh sát truy nã gắt gao. Nhận thấy những tác hại khủng khiếp mà ctOS sẽ mang lại cho thành phố mình đang sinh sống, Marcus quyết định tìm cách hack vào hệ thống để đánh sập ctOS. Cũng từ đây, anh sẽ tìm ra mục đích đen tối cho sự tồn tại của ctOS và những kẻ vô nhân tính đứng đằng sau dự án này.