Ghost Of Tsushima sẽ đưa các game thủ bước về thời đại phong kiến tại Nhật bản năm 1273. Tại thời kỳ này quân Mông Cổ vừa thôn tính thành công Cao Ly sau 43 năm đánh chiếm. Không chỉ dừng lại ở đó, Kublai Khan (Nguyên Thế Tổ) còn sai em họ của mình là Khotun Khan dẫn binh đi tấn công vào đảo Tsushima.
Nhà Nguyên lúc này muốn sử dụng hòn đảo Tsushima để làm bàn đạp tấn công vào Kyushu để thôn tính toàn bộ đất nước Nhật Bản. Cuộc xâm lăng này được khởi đầu bởi sự đổ bộ của 15.000 quân Mông Cổ tại bãi biển Kamado.