Crysis nói về cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh vào năm 2020. Một đội khảo cổ ở hòn đảo xa bờ Thái Bình Dương bị bắt bởi binh lính Bắc Triều Tiên, và ngay lập tức, đội đặc nhiệm của Mỹ được cử đến điều tra và giải cứu các nhà khoa học. Được trang bị bộ quân phục đặc biệt “nanosuit” có khả năng tăng cường sức mạnh, tốc độ và giáp trụ, bạn nhảy dù vào hòn đảo, nơi bạn và các đồng đội phải đương đầu với những tay súng xảo quyệt của đối phương lẫn những “vị khách không mời mà đến” từ những chiếc phi thuyền lạ.
Một điều đáng chú ý khác là trò chơi sử dụng engine vật lý và hiệu ứng phá hủy khá tuyệt vời khi không chỉ “đẹp mắt” mà còn “đã tay”. Bạn sẽ có thể bị cháy nếu như bắn nhau trong rừng rậm, hay các đường đạn sẽ làm gãy các cành cây rơi xuống gây thương vong cho đối phương. Các tình huống và sự kiện trong Crysis được kích hoạt ngẫu nhiên sau mỗi lần chơi lại, ví dụ như một mảnh vỡ của trực thăng có thể rơi vào một túp lều bọn lính và nổ tung.